Hükümet Tasarısının “Kanunun hükmü ve amirin emri” başlıklı 27 nci maddesinin iki ve üçüncü fıkraları değiştirilmiştir. Hiyerarşik yapı içinde amirin verdiği emrin hukuka uygun olması halinde, verilen bu emrin yerine getirilmesi de hukuka uygun olacaktır.
Amirin emri, hukuka aykırı olmasına rağmen, bu emir emredilen açısından bağlayıcı olabilir. Anayasamıza göre; kamu görevlileri, görevlerini ifa ederken amiri durumundaki kişilerden aldıkları emirleri hukuka aykırı bulmaları halinde, bu emri “yerine getirmez ve bu aykırılığı o emri verene bildirir”ler. Ancak, emir hukuka aykırı olmakla beraber, amir “emrinde ısrar eder ve bu emrini yazı ile yenilerse, emir yerine getirilir; bu halde emri yerine getiren sorumlu olmaz” (madde 137, fıkra 1). Bu durumda emri yerine getiren açısından bir hukuka uygunluk nedeni değil, bir sorumsuzluk nedeni söz konusudur.
Yerine getirme zorunluluğu, esasen hukuka aykırı olan emri hukuka uygun hale getirmez. Ancak, hiyerarşik yapı dolayısıyla, emri yerine getiren sorumlu olmaz. Bu durumda sorumluluk, emri verene aittir. Hükümet Tasarısındaki hükümde, bu durumda emri verenin de sorumluluktan kurtarılmasına yönelik bir ifadeye yer verilmişti. Yapılan değişiklikle bu yanlışlık düzeltilmiştir.
Emir, hukuka aykırı olmanın yanı sıra, ayrıca suç da teşkil edebilir. Anayasamız, konusu suç teşkil eden emrin yerine getirilmesine “hiçbir surette” izin vermemektedir (madde 137, fıkra 2). Bu durumda emri “yerine getiren kimse sorumluluktan kurtulamaz”. Maddenin üçüncü fıkrasında yapılan değişiklikle Anayasanın söz konusu hükmüyle paralellik sağlanmıştır.